辨别产品的真伪优劣，首先应该考量产品是按照什么样的技术规范标准研制生产的。日本是率先实现纳豆激酶产业化生产的国家。2003年，日本厚生劳动省官方机构采纳（株）日本生物科学研究所的标准，首次颁布了日本《纳豆菌培养加工食品质量标准》。这是产品标准化规范生产的基本制度保证。2017年该标准修订时还特别增加了辨别纳豆激酶真假的简易鉴别法即IBOX法。
需要注意的是，由于维生素K2具有促进血液凝固及抑制纤溶系统因子活性的作用，在日本的标准中明文规定，纳豆激酶中含有的维生素K2必须经过特定的制造工艺剔除。
据央视报道，中国还没有颁布和制定有关纳豆冻干粉和纳豆激酶的技术规范和质量标准，也没有专门的检验方法、产品认证和检测监督。目前，我国国内的生产技术和工艺大多处在纳豆冻干粉的水准，也还未见可以剔除维生素K2的技术资讯。
产品技术含量的高低是决定产品优劣的关键。纳豆激酶溶栓功效的发现者须见洋行博士在接受中国中央电视台采访时曾明确表示：“将维生素K2剥离出去，是提取纳豆激酶过程中最重要的一个步骤。在发酵大豆中如果不能提取维生素K2、嘌呤和大豆异黄酮，这样的纳豆激酶根本就不能称为纳豆激酶，也不会发挥其应有的效应。”
之所以要把维生素K2、嘌呤和大豆异黄酮这三种物质剥离出去，是因为嘌呤会引发痛风，大豆异黄酮会刺激雌激素依赖性肿瘤细胞的生长，而维生素K2具有促进凝血的功能，从而阻碍和影响纳豆激酶的溶栓作用。
我国著名的北京阜外心血管病医院副院长杨跃进教授对央视记者说：“纳豆激酶中如果存在维生素K2，不但会抵消一部分纳豆激酶的溶栓功能，如果治疗血栓的患者，在服用药物华法林的同时，也服用维生素K2的话，会在体内形成新的更严重的血栓，从而给患者带来生命危险。”
日本生物科学研究所于2007年取得剔除维生素K2的技术专利。该研究所研制生产的纳豆激酶NSK-SD在生产过程中剔除了嘌呤、大豆异黄酮和维生素K2，并于2007年获得“剔除维生素K2”专利。
普通的纳豆产品并不等于纳豆激酶。《人民日报》社主管的《生命时报》曾作过“纳豆不等于纳豆激酶”的长篇报道。该报道说：“普通的纳豆产品，是将鲜纳豆速冻，在低温下干燥粉碎制成的纳豆冻干粉胶囊。纳豆激酶则是通过纳豆菌培养液发酵产生纳豆激酶，再将这种物质提纯制成的现代高科技产品。两者虽有联系，但更有本质的区别。之前被媒体曝光的部分纳豆产品虚假宣传的实质，便是借用了纳豆激酶能够溶解血栓的概念，夸大宣传了普通纳豆的功效，从而误导不明真相的消费者。”
日本神经内科专家、神户药科大学副校长太田光熙教授说，纳豆激酶是由枯草杆菌家族中的纳豆菌产生的一种丝氨酸蛋白酶。它因从纳豆中发现、具有溶解血栓的酵素而得名。和纳豆激酶相似的枯草杆菌家族的酵素很多，有和纳豆激酶分子序列相似度高达99.5%的枯草杆菌蛋白酶E，也有相似度99%的酵素，但都不是真正的纳豆激酶。所以大家要警惕市场中虽然也都称作纳豆激酶，但其实是模仿品或者是假冒的纳豆激酶。这些酵素和模仿的纳豆激酶对纤维蛋白的亲和力即溶解血栓的能力是完全不同的。例如，和纳豆激酶分子序列相似度高达86%的枯草杆菌酶BPN的溶解纤维蛋白的能力，还不到真正的纳豆激酶溶栓能力的五分之一，而且在生物体内的安全性也未经证实。日本生物科学研究所是唯一拥有日本纳豆激酶物质及制法专利的机构，其研发的纳豆激酶NSK-SD采用的是其独有的纳豆菌株培养而成。采用什么样的菌株发酵，是甄别纳豆激酶真假的关键问题之一。
日本纳豆激酶受专利保护。日本纳豆激酶协会副会长高冈先生表示：“须见洋行教授的确是纳豆激酶具有溶解血栓功效的发现者，然而把这种物质提纯转化成产品，从而实现纳豆激酶产业化生产的则是日本生物科学研究所。在日本，只有日本生物科学研究所拥有生产纳豆激酶的合法专利权，其他任何单位和个人均不具备授予企业生产纳豆激酶的权利。”
