世界上第一个发现纳豆激酶溶解血栓功能的是日本学者须见洋行博士，1980年，日本富崎医科大学须见洋行博士作为日本文部省外派研究员在美国芝加哥从事血栓研究。一天，他在吃饭的时候看着眼前的纳豆突发奇想：既然血栓的主要成分是蛋白质，那么使蛋白质发酵的纳豆是否有可能溶解血栓呢？
抱着试试看的心理，他把新鲜纳豆的粘丝放进人工血栓中做实验，结果令人震惊！在2个小时内溶解超过3厘米大的血栓。而之前的实验中发现的最好结果是18小时溶解2厘米血栓。这就是后来被称之为著名的“下午两点半试验”，证明纳豆激酶溶解血栓的效果比临床医学上常用的尿激酶(UK)强19倍之多。
这一偶然的发现，为此后的进一步研究奠定了重要基础。1987年，须见洋行博士终于揭开了纳豆能够溶解血栓的秘密：这是因为在纳豆粘粘的物质中富含一种特殊的能溶解血栓的酵素，并把这种酵素命名为“纳豆激酶”。
世界上第一个把纳豆激酶这种物质培养、提取、制成产品，从而实现纳豆激酶产业化生产的则是日本生物科学研究所。几十年来，日本生物科学研究所一直致力于纳豆菌发酵技术的研究，在此核心技术的基础上，经过近十年的持续攻关，终于掌握了纳豆激酶的制备方法，并独家拥有这种方法的专利。其产业化历程的时间表大致如下：
日本生物科学研究所自1998年第一代纳豆激酶产品上市以来，凭借其一系列的知识产权保护，精益求精的不断技术研发，广泛深入的临床研究和国际化的安全性认证，独占鳌头，产品本土市场占有率一直高达90％左右，而且畅销欧美东南亚等50多个国家和地区，成为国际公认的全球纳豆激酶产业化生产的鼻祖。
日本纳豆激酶协会声明 日本是世界上最早发现并生产纳豆激酶产品的国家。2010年10月24日、25日中央电视台重磅栏目焦点访谈等曝光《部分纳豆食品被指冒用日本专家名义虚假宣传》，日本纳豆激酶协会于同年11月4日发表声明。声明原文如下:
