作为纳豆的活性成分，纳豆激酶的安全性在很多研究中也得到了验证。体外毒理学研究未发现纳豆激酶诱变性和致裂性，并且在大鼠中使 用剂量高达1000mg/(kg·d)，比人类通常使用的剂量高出100倍，进行的28天和90天亚慢性毒性研究中没有观察到不良影响。一项关于纳豆激酶的急性毒理学研究显示，小鼠的纳豆激酶用量是48万FU/kg，是人类日推荐剂量的1000倍以上，没有发现不良事件，未表现出诱变作用，亦无诱发中国仓鼠肺细胞 (China hamster fibroblast cell line，CHL) 染色体畸变的潜力。一项动物实验中纳豆激酶的用量为75mg/kg时，几乎完全抑制了血栓的形成(>90%)，值得注意的是当纳豆激酶剂量远超常规量，达到300mg/kg时，观察到实验小鼠肺出血点。
11名健康志愿者，口服纳豆激酶552mg/d (高于5倍常规推荐剂量，约10000FU/d)，服用4周，未观察到不良反应。一项小样本临床试验中，使用低分子肝素、抗血小板药物联合口服纳豆激酶 (NSK-SD 2000FU，3次/d)7天，治疗急性缺血性卒中，取得较好疗效的同时无脑出血事件发生。在血管性疾病患者中应用肝素联合口服纳豆激酶(2000FU/d)1个月，在改善临床症状的同时，未发现不良反应与事件。不同剂量的纳豆激酶 (NSK-SD，1700FU与3400FU)与维持量的华法林连用6个月，未观察到不良反应。
纳豆激酶的代谢动力学研究：2013年美国加利福尼亚州奥克兰的临床参考研究室进行了单次口服纳豆激酶人体代谢动力学研究，11位健康受试者口服纳豆激酶胶囊(日本生物科学研究所NSK-SD，2000FU)，检测到血清纳豆激酶峰值浓度出现在口服纳豆激酶后(13.3±2.5)小时，这是首次证实在人体血液中可以直接检测到纳豆激酶。需要指出纳豆激酶是活性酶，不同菌种、菌株发酵产生的酶分子结构并不相同，吸收代谢也会产生差异，上述临床研究得出的实验数据及结论仅代表纳豆激酶 NSK-SD在人体吸收代谢的情况。
